Caracterização molecular do vírus linfotrópico humano de células t, genoma completo e parcial através do sequenciamento de última geração pela plataforma illumina

Caracterização molecular do vírus linfotrópico humano de células t, genoma completo e parcial através do sequenciamento de última geração pela plataforma illumina

Author Farias, Rodrigo Pessoa de Autor UNIFESP Google Scholar
Advisor Sanabani, Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al Sanabani Autor UNIFESP Google Scholar
Institution Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Graduate program Medicina Translacional
Abstract Introdução: Nesse trabalho relatamos a variabilidade das sequencias do Vírus Linfotrópico de Célula Humana T tipo 1 (HTLV-1) genoma completo e parcial de 90 indivíduos, destes sendo 48 portadores assintomáticos, 35 pacientes com Paraparesia Espástica tropical/Mielopatia associada ao HTLV-1 (HAM/TSP) e 7 pacientes portadores de leucemia/linfoma de células T adulto, utilizando o sequenciamento de nova geração do aparelho da Illumina (MiSeq). Metodologia: Foram coletadas amostras de sangue dos 90 indivíduos. O DNA foi extraído a partir das células mononucleares do sangue periférico PBMC para medir a carga proviral e amplificar o HTLV-1 em dois fragmentos que se sobrepõem. Os produtos de PCR amplificados foram sequenciados no sequenciador de nova geração MiSeq (Illumina). Os dados gerados foram montados, alinhados e mapeados contra um genoma de HTLV-1 já descrito com semelhança genética para posteriores análises filogenéticas. Resultados: O sequenciamento de alto rendimento por síntese foi utilizado para obter uma média de cobertura de 3210-5200 para cada amostra, obtendo-se genomas parciais (n=14) e genomas completos (n=76) do HTLV-1. Os resultados, utilizando-se as sequencias geradas pelo sequenciamento e baseado em árvores filogenéticas, revelaram que 86 (95,5%) indivíduos são infectados com o grupo A transcontinental e subtipo A cosmopolita (aA) e 4 (4,5%) indivíduos com o subtipo B japonês (aB). Uma comparação entre os ácidos nucléicos e aminoácidos dos genomas completos nas três categorias não apresentou nenhuma relação entre o genótipo e as condições clínicas dos indivíduos. As relações evolutivas entre as sequências do HTLV-1 foram descritas a partir de sequências de nucleotídeos, e estes resultados são consistentes suportando a hipótese de que houve várias entradas do subtipo transcontinental no Brasil. Conclusões: Este estudo aumenta o número de sequências de genomas completos do HTLV-1 disponíveis em banco de dados do subtipo aA de 8 para 81 e aB de 2 para 5. Nossos dados confirmam que o subtipo transcontinental cosmopolita é o mais prevalente na população brasileira. Assim espera-se que as sequencias geradas irão acrescentar a nossa compreensão atual da história evolutiva deste vírus.
Keywords htlv-1
diversidade genética
Language Portuguese
Date 2015-01-30
Published in FARIAS, Rodrigo Pessoa de. Caracterização molecular do vírus linfotrópico humano de células t, genoma completo e parcial através do sequenciamento de última geração pela plataforma illumina. 2015. Dissertação (Mestrado) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2015.
Research area Medicina
Knowledge area Ciências da saúde
Publisher Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Origin https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=1784540
Access rights Closed access
Type Dissertation
URI http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/48586

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