Exoma na prática clínica: expansão fenotípica, dismorfologia reversa e descoberta de novos genes

Exoma na prática clínica: expansão fenotípica, dismorfologia reversa e descoberta de novos genes

Author Migliavacca, Michele Patricia Autor UNIFESP Google Scholar
Advisor Perez, Ana Beatriz Alvarez Perez Autor UNIFESP Google Scholar
Institution Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Graduate program Biologia Estrutural e Funcional
Abstract Purpose: To analyze candidate variants for previous selected patients with Mendelian Diseases using Whole Exome Sequencing (WES). Methods: Patients were obtained from PhenoDB platform and reviewed by a Committee. Those who filled in the selection criteria had the exome sequencing performed by the Illumina HiSeq2000 (Illumina, Inc. San Diego, CA) platform. The data analysis workflow was design to evaluate possible candidate variants using specific computational filters. The ANNOVAR file of each patient was uploaded at the PhenoDb platform being available to the Analysis Committee. Results: Twelve patients that better represented one of the following categories was selected: new gene discovery, phenotypic expansion and reverse dysmorphology. A cohort of six patients were selected to represent the category of new gene discovery, all of them shared the same clinical diagnosis of Gomez-Lopez-Hernandez Syndrome (OMIM 601853, a mendelian disease without a known molecular basis, unfurtunally no candidate variants were found to the moment; a patient with Van den Ende Gupta Syndrome and a SCARF2 homozygous 17bp deletion and a new finding, bilateral sclerocornea, thus extending the phenotype; one patient with severe neonatal ichthyosis and limb malformation, unusual findings in assotiation, with a new mutation at the MBTPS2 responsible for the BRESHECK Syndrome; one patient with a previous clinical diagnosis of Ramos-Arroyo Syndrome and a pathogenic variant at the BCOR gene related to Syndromic Microophtalmya type 2; one brother and one sister with compound heterozygous mutation at the ERCC3 gene, with an overlapping phenotype of Tricothiodystrophy and Xeroderma Pigmentosum, and a patient with a pathogenic variant at HDAC8 gene responsible for Cornelia de Lange type 5 Syndrome. Conclusion: WES is a valid approach to investigated mendelian diseases when a molecular basis is not known, genetic heterogeneity plays a important role or if there is a suggestive mendelian inheritance without a clear diagnosis.

Objetivo: Realizar o Sequenciamento do Exoma por meio da Técnica de Sequenciamento de Nova Geração em pacientes previamente selecionados com Doenças Mendelianas e analisar as possíveis variantes candidatas. Método: Os pacientes participantes foram selecionados a partir dos dados inseridos na plataforma PhenoDB por médicos colaboradores e revisados por um Comitê Clínico. O sequenciamento do exoma foi realizado na Plataforma Illumina® HiSeq2000. Para a análise dos dados programas computacionais específicos de alinhamento e chamada de variantes foram utilizados. O arquivo ANNOVAR de cada paciente foi carregado na plataforma PhenoDB ficando à disposição do Comitê de Análise para iniciar a aplicação dos filtros computacionais e estratégias especificas para cada caso com o intuito de delinear as possíveis variantes patogênicas. Resultados: Doze pacientes foram selecionados por ilustrarem uma das categorias a seguir: descoberta de novos genes, expansão fenotípica e dismorfologia reversa. Na categoria descoberta de novos genes uma coorte com 6 pacientes de famílias não relacionadas com a hipótese diagnóstica de Síndrome de Gomez-Lopez-Hernandez (OMIM 601853) foi analisada, porém, sem definição da base molecular. Um paciente com diagnóstico de Síndrome de Van den Ende Gupta com um achado clínico novo, esclerocórnea bilateral, foi classificado na categoria expansão fenotípica por paresentar uma deleçnao em homozigose no gene SCARF2; um paciente com Ictiose Congênita e malformações de membros, achados não usuais em associação, foi diagnosticado com mutações no gene MBTPS2 responsável pela Síndrome BRESHECK; um paciente com hipótese diagnóstica inicial de Síndrome de Ramos- Arroyo foi confirmado com mutação patogênica no gene BCOR descrito na Microftalmia Sindrômica tipo 2. Dois irmãos previamente sem diagnóstico tiveram uma variante patogênica identificada no gene ERCC3, um dos genes responsáveis pelo fenótipo Tricotiodistrofia/ Xeroderma Pigmentoso compatível com a apresentação clínica dos irmãos e uma paciente com diversas dismorfias foi diagnosticada com uma variante patogênica no gene HDAC8 responsável pela Síndrome Cornélia de Lange tipo 5. Conclusões: O Sequenciamento do Exoma é uma estratégia justificável na investigação das doenças mendelianas nas quais os pacientes apresentam um diagnóstico clínico sem base molecular conhecida ou com heterogeneidade genética, e em pacientes sem diagnóstico definido porém com herança sugestiva mendeliana.
Keywords parallel mass sequencing
exoma
genotype
phenotype
diagnosis
sequenciamento paralelo em massa
exoma
genótipo
fenótipo diagnóstico
Language Portuguese
Date 2016-12-21
Published in MIGLIAVACCA, Michele Patricia. Exoma na prática clínica: expansão fenotípica, dismorfologia reversa e descoberta de novos genes. 2016. 80 f. Tese (Doutorado) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2016.
Research area Biologia geral
Knowledge area Ciências biológicas
Publisher Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extent 80 p.
Origin https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=4125811
Access rights Closed access
Type Thesis
URI http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/47514

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